진균(Fungi)은 균류, 곰팡이, 사상균이라고도 하며 유기물을 분해하여 에너지원이나 영양원으로 이용하고, 유성 또는 무성으로 번식하며, 생장한 포자는 운동성 없다. 토양의 입단화에 관여하고, 많은 질소화합물과 탄수화물을 분해하며, Penicillum속, Fusarium속, Mucor속, Aspergillus속균등 다양한 미생물이 있고, 토양에서 무게로 가장 큰 비중을 차지한다.
방사선균은 사상세균이라고도 하고, 분해 저항성이 큰 리그린, 단백질, pectin, keratin 등 부식 성분을 분해하며, 많지는 않지만 작물 병해를 유발(감자 창가병(산성토양으로 방제가능),감자더뎅이병 등)하고, 독특한 흙냄새(Act odorifer)를 풍기며, 활성석회의 함량은 방사선균의 활동력과 관계가 있다. 조균류는 엽록소(남조류, 녹조류 등)를 가지고 있고, 식물과 동물의 중간적인 성질이며, 토양 중 유기물을 생성하고, 공중질소를 고정하며, 무기양분을 동화하고산소를 공급한다. 선충류는 동물적인 성질을 많이 가지고 있으나, 외국에서는 병원균으로 분류하기도 하며 병이나 충해을 유발한다. 원생동물은 유기물을 분해하고, 세균을 섭취하며, 대체로 유해한 경우가 많고, 황산염의 환원 작용을 하며, thiobacillus속의 thiooxidans가 여기에 속한다. 산성(pH 2.0~3.5)에 적응성이 크다. 두과작물은 질소고정균에 의해서 질소의 2/3를 얻는다. 권권이 미치지 않는 토양에서는 미생물의 종류, 수가 매우 제한된다.
암모늄화 작용은 산화적 탈아미노화작용(산화적 암모늄화작용, 호기성세균, 사상균→암모니아 유리, 케톤산 생성)과 환원적 탈아미노화작용(혐기적 암모늄화 작용, 아미노화합물→ 혐기성세균, 통성균→ 암모니아+지방산 또는 가수분해 옥시산 생성)으로 나눌 수 있다.
※ 요소 = [(NH2)2CO], 석회질소 = [CaCN2] 등의 구조식을 가지고 있다.
질소화 작용이란 질소질 무기비료를 시용한 후에 일어나는 과정을 말하고, 탄질률이 10:1이하가 되면, 자급영양세균에 의해, 산화작용이 일어나며, 통기가 양호하고, pH가 중성일 때, 포장용수량 토양에서, 온도 25℃면 논토양의 토층분화 경계, 밭토양의 입단내부와 입단외부에서 탈질작용이 일어난다.
황의 순환을 살펴보면 50~75%가 유기태이고, Thiobacillus에 의해 산화되며, 탄질율이 낮은 경우(10:1이하)에는 질소 순환과정으로 암모늄화 작용과 질산화 작용이 일어난다. 토양 1g에 들어 있는 세균 수는 106 ~ 108 정도이고,토양 속에 산소가 없어도 살 수 있는 세균 중에는 탈질균(탈질작용은 환원 중에서 일어남)이 있으며, 논에서 황산이 환원되어 황화수소로 될 때는 Desulphovibrio가 관여하고, 질산염이 암모니아로 환원될 때 관여하는 미생물은 Clostridium gelatinosum이다.
공중질소를 고정하는 미생물은 Azotobacter, Rhizobium, Clostridium, Blue-green algae(조균류) 등이 있고, 근류균은 토양반응이 중성이며, 25~28℃에서 인산과 석회 시비시 활동이 활발해지고, 미생물이 가장 많이 번식한 토양은 유기질 토양으로 사질보다 많다. 토양 미생물의 번식은 토양 표면의 2~3cm에서 왕성하다. 질소화화물의 무기화 과정에 관여하는 것은 세균이 많고, 퇴비나 유기질 비료가 잘 부숙하면 질소는 암모늄태이며, 보통 토양에 들어 있는 질소의 화학적 형태는 유기태이고, 탈질작용을 “ 질산호흡”이라고도 한다.
암모니아를유기태로 변하는 것을 부동화작용이라 하고, 유기태는 작물이 작접하고 흡수 이용할 수 없으며, 질산화 작용이 가장 잘 일어나는 pH는 7.0 ~ 8.0이고, 질산화작용은 세균에 의해 일어나며, 암모늄화 작용이 잘 일어나는 온도는 40~60℃이다.
